学校坚持自主创新，科学研究能力和水平不断提升，“十二五”以来，牵头承担国家科技重大专项、国家重大科研仪器设备研制专项、国家重大科学研究计划项目、国家重点研发计划项目、国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术研究发展计划（863计划）项目、国家科技支撑计划项目、教育部新世纪优秀人才项目、国家自然科学基金项目等960余项。获各类科技成果奖励120余项，其中国家科技进步二等奖3项，重庆市科学技术奖、中华医学科技奖等省部级以上奖励60余项。学校独立研制的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀）属世界首创，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。
学校现有国家级、省部级研究机构44个，其中国家工程研究中心1个、国家生物产业基地实验动物中心1个、国家级国际科技合作基地1个、教育部重点实验室3个、教育部国际合作联合实验室1个、省部共建国家重点实验室培育基地1个、省级工程研究中心5个，省级重点实验室23个，重庆市国际科技合作基地1个、重庆市临床医学研究中心6个、省级人文社科基地1个。另设有省级“海外高层次人才创新创业基地”和“院士专家工作站”。
学校积极开展国内外交流合作。近年来，学校与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的20个国家和地区的44所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际名校，广泛开展师生交流和国际科研合作。 同时，与复旦大学、华中科技大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养。
学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所）。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续6年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2016年分别排名第52位、第58位、第招生位。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位11000余张，年门诊量1035万人次，年收治住院病人40万人次。此外，学校还有20所非直属附属医院和30所教学医院，分布在重庆、四川及深圳等地。
