学校主动对接国家和区域战略需求，着力打造具有影响力的高水平学科和科研平台。现有博士学位授予权一级学科6个，博士专业学位授予权学科2个；硕士学位授予权一级学科9个，二级学科1个；硕士专业学位授予权学科6个。根据国际权威机构统计，自2009年始临床医学学科进入ESI排名前1%。现有福建省国家重点学科培育建设学科1个，国家临床重点专科10个，国家中医药管理局重点专科1个，省级临床重点专科31个，省中医、中西医结合重点专科1个，省“211工程”重点学科2个，省特色重点学科4个，省级重点学科9个，省高峰学科建设学科4个、省高原学科建设学科2个，省高校应用型学科3个。现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，3个院士工作站。拥有肿瘤免疫药物开发国家地方联合工程研究中心，福建省唯一的新药安全性评价中心。拥有教育部重点实验室1个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室1个，省级重点实验室7个，省“2011协同创新中心”2个，省级工程研究中心1个，省级工程技术研究中心2个,闽台科技合作基地1个，省高校重点实验室9个，福建省高校特色新型智库1个，数字福建大数据研究所1个。“十三五”开局以来，科研经费总量达3.93亿元，获各类科技项目2150多项，发表SCI收录论文2057篇，获授权国家发明专利56件，获省科技奖18项，其中科技进步一等奖2项、二等奖5项，获中华医学科技奖三等奖1项，获福建医学科技奖25项，其中一等奖2项、二等奖8项，获省紫金科技创新奖1项，获省运盛青年科技奖2项，福建青年科技奖3项。
“十三五”期间，学校将力争在人才培养、科学研究、医疗卫生服务、文化传承创新等方面做出更大的贡献，高水平教学研究型医科大学建设取得明显进展，可持续发展力、核心竞争力、改革创新力、社会影响力不断增强，办学特色更加鲜明，若干学科达到国内先进水平，争取进入国内同类医学院校前列。
