学院设有办公室、教务处、后勤处、保卫处、学生处、团委、少年社会工作站、党群办、计财处、招生就业办、培训中心、学籍科等完善的管理机构。奉行专家治校，民主管理的教育管理原则。有一支业务技能精、管理水平高、创新能力强的高素质、职业化管理班子。
文山州卫生学校是文山州的一所公办全日制医药卫生类中等职业学校,属国家级重点中等职业学校和省级文明学校、绿色学校，并被州委、州政府列为职业教育改革试点学校。
凡符合报考普通中等专业学校招生条件，立志从事医疗卫生工作的应、往届初中毕业生均可报读，学校按相关政策择优录取。凡录取就读同学,均可享受国家对中职教育的助学政策。在校期间可通过参加昆明医科大自学考试、云南开放大学“中高衔接”学习或第三年参加成人高考就读高一级学院的成人教育获得专科学历。
学校创建于1958年，历经5次搬迁，于2012年11月28日率先整体迁入职教园区内办学。现占地面积360亩，并有60亩的附属医院预留用地，现已建成的一期校舍建筑面积4.7万平方米，其中实训中心数码显微实验室、妇产科、儿科、生理机能实验室、护理实验室、生命科学馆达到省内同级学校先进水平，现正在筹备建设具有“中国中药生物谷”特色的中医实训基地。
学校于2012年11月28日搬迁到州职教园区办学。占地面积420余亩，建筑面积4.7万㎡。现有教职工191人，其中专任教师163人，高级教师55人，“双师型”教师55人，研究生学历17人，云南省“云岭名师”1人、“省级学科带头人”2人、“州级学科带头人”4人。实训设备中的数码显微实验室、妇产科、儿科、生理机能实验室、护理实验室、生命科学馆达到省内同级学校先进水平。学校全日制在校学生4884人，与高校合办成人教育学生3189人，是文山州中职学校中办学规模最大的学校。学校设有普通中专、职业培训、成人教育三个招生类别。学校全日制中专开设护理、医学检验技术、医学影像技术、农村医学、助产、药剂、中医等7个专业。专科层面，与红河卫生职业学院、大理学院联合开办五年制专科护理。
