石河子大学医学院的前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，1949年10月随军进疆，先后经历了新疆军区卫校、兵团医学专科学校、兵团医学院、石河子医学院、石河子大学医学院等几个发展阶段。 建院50多年来，为国家培养各级各类医药卫生技术人才1.7万名，遍布天山南北、祖国各地，为地方和国家医药卫生事业的发展和社会进步作出了贡献。
石河子大学医学院设有基础医学系、护理系、预防医学系和临床医学系、口腔医学系、医学影像学系、医学检验系、麻醉学系等8个系，开设临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验等6个本科专业，其中临床医学为大学特色专业，并在临床医学专业基础上开设诊断病理学、麻醉学等本科专业方向，设有临床医学、护理学、医学影像学、临床检验学、口腔、卫生事业管理6个专科专业。自1998年以来，病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、生理学、免疫学、护理学、流行病学与卫生统计学、社会医学与卫生事业管理、外科学、内科学、肿瘤学、妇产科学、眼科学、麻醉学等14个硕士学位授予点陆续面向全国招收硕士研究生。学院现有2门自治区级精品课程，3门兵团级精品课程，3个兵团级重点学科，14门大学一类课程， 7个校级重点学科，2个自治区质控中心，1个教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病重点实验室。
学院师资力量雄厚，既有在学术上功底深厚、有较高知名度的学者、专家，也有在专业上颇有建树的青年学者。学院现有教授56人，副教授120人，讲师188人；博士52人，在读博士74人，硕士133人；硕士生导师316人，兼职博士生导师12人。国家级突出贡献中青年专家2人，享受国务院特殊津贴专家5人，自治区优秀专家1人。拥有附属医院4所（直属医院1所，非直属医院3所），教学、实习医院30所，其中三甲医院10所。学院第一附属医院为全国“百佳”医院。
学院重视开展科学研究和学术交流，公开出版发行期刊《农垦医学》（双月刊）。“十五”期间，承担各级各类科研课题120余项，其中国家自然科学基金、国际合作项目和省部级重大科研项目30项，发表论文600余篇（SCI收录7篇），出版学术专著7部，获省部级科研奖励20项。
