院系专业
截至2015年12月，重庆医药高等专科学校共建有药学院（中药学院）、护理学院、医学技术学院、临床医学院、中医学院、基础部、思政部、培训部等8个教学院部，开设高职专科专业22个。
| 二级学院 | 专业名称 |
| 药学院 | 中药制药技术、药学经营与管理、中药、生物制药技术、药物制剂技术、药品质量检测技术、药机设备制造与维护 |
| 护理学院 | 护理、助产 |
| 医学技术学院 | 针灸推拿、康复治疗技术、医疗美容技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、食品营养与检测、眼视光技术、医学影像技术、医用电子仪器与维护 |
| 临床医学院 | 临床医学 |
| 中医学院 |
中医学 |
中央财政重点支持建设专业：药学、护理、药物制剂技术、卫生检验与检疫、康复治疗技术
市级重点专业：临床医学、医学检验技术、生物制药技术
市级示范专业：药学、护理、临床医学、医学检验技术
中央财政支持的实训基地：药物制剂技术高等职业教育实训基地、护理高等职业教育实训基地、药学高等职业教育实训基地
重庆市财政支持的实训基地：生物制药技术高等职业教育实训基地
国家级精品课程：药物制剂制备工艺与操作
市级精品课程（不全）：临床诊断技术、临床生物化学检验技术、药剂学
市级精品视频公开课程：医学信息检索、药物检测实训技术
